Physical Biology Biological Physics

이론생물물리연구실

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본 연구실에서는 분자 수준의 세포 내 동역학에서 생태계와 진화에 이르기까지 다양한 시공간 스케일에 걸쳐 일어나는 정보의 전파·확산 및 물질·에너지 대사를 복잡계 이론과 제어의 관점에서 이해하고자 합니다. 이에 수반되는 평형·비평형 통계역학의 문제들은 그 자체로 물리과학적 인식의 지평을 이루는 지식의 최전선이며 동시에 생물학이나 정보과학과의 협업을 기반으로 하는 학제적 연구에도 큰 영감을 줍니다. 이와 같은 문제의식을 바탕으로 본 연구그룹은 생물학적 복잡계의 제어와 설계를 위한 공학적 원리의 확립에도 노력을 기울이고 있습니다.
The Ghim Lab seeks to find the “design” principles behind the networks of biological information processing. The networks encompass cellular metabolism, regulation of gene expression, cell-to-cell communication, and up to social and ecological interactions among individuals. The current focus of research is on:

• Control and exploitation of noise in gene expression
• Resource allocation for coordinated metabolism
• Causal inference in epidemic dynamics and ecological systems
• Game theory in structured populations and reinforcement learning

The aim from biology side is to rationalize the efficiency and robustness of biological networks in the light of form-function duality. The other side of the coin is an effort to restore the precision and accuracy of biochemical information processing in e.g. synthetic biology or metabolic engineering up to its silicon-based counterpart. Both of these objectives are closely linked to the fundamental problems of equilibrium and nonequilibrium statistical mechanics on complex networks. Information theory and statistical physics are a major tool toward this end but the crux is still the rigorous biological realism.

Major research field

생물학적 정보처리, 복잡계네트워크, 마이크로바이옴, 능동연성물질계의 비평형통계물리

Desired field of research

게임이론을 위한 강화학습, 인과적 추론 / Active matter, Causal inference

Research Keywords and Topics

Keywords
Control of complex networks, Nonequilibrium statistical physics, Stochastic cell biology, Biochemical information processing, Human microbiome, Ecological inference, Reinforcement learning

Topics
Stochastic thermodynamics of active matter systems
Noise propagation in cellular biochemistry
Control aspects of human microbiome
Reinforcement learning for agent-based ecological models

Research Publications
MORE

•R. Lim, J. Chae, D. E. Somers, C.-M. Ghim, P.-J. Kim, Cost-effective circadian mechanism: rhythmic degradation of circadian proteins spontaneously emerges without rhythmic post-translational regulation, iScience (2021)
•Lim R, Cabatbat JJT, Martin TLP, Kim H, Kim S, Sung J, Ghim CM, Kim PJ, Large-scale metabolic interaction network of the mouse and human gut microbiota, Sci. Data (2020)
•Im H, Son S, Mitchell RJ, Ghim CM, Serum albumin and osmolality inhibit Bdellovibrio bacteriovorus predation in human serum, Sci. Rep. (2017)
•C.-M. Ghim, E. Almaas, Two-component genetic switch as a synthetic module with tunable stability, Phys. Rev. Lett. 103, 028101 (2009)
•Im H, Kim D, Ghim CM, Mitchell RJ, Shedding Light on Microbial Predator-Prey Population Dynamics Using a Quantitative Bioluminescence Assay. Microb. Ecol. (2014)
•Ghim CM, Almaas E, Two-Component Genetic Switch as a Synthetic Module with Tunable Stability. Phys. Rev. Lett. (2009)

Patents

•발광성 측정을 이용한 피포식균주-포식균주의 관계 예측방법 / 김철민, 로버트 미첼, 임한솔 (2016)

국가과학기술표준분류

  • NB. 물리학
  • NB02. 통계물리
  • NB0204. 복잡계

국가기술지도분류

  • 정보-지식-지능화 사회 구현
  • 012800. 생체진단기술

녹색기술분류

  • 녹색기술관련 과제 아님
  • 녹색기술관련 과제 아님
  • 999. 녹색기술 관련과제 아님

6T분류

  • BT 분야
  • 기초/기반기술
  • 020111. 유전체기반 기술