위탁연구과제 부가세 처리(안)

배경 및 목적

◦ 부가가치세법 시행령 개정(‘14.1.1)에 따라 ‘14년부터 산학협력단이 제공하는 연구용역이 면세범위에 속하지 않는 경우 부가세 과세 적용

※ 부가가치세법 시행령 제45조2항 및 제42조제2호, 동법 시행규칙 제32조

◦ 국가연구개발사업 중 산학협력단과 협약을 체결하는 위탁과제의 연구개발비 편성 및 정산에 필요한 부가세 관련 처리 기준 마련을 통해 연구현장의 혼란 방지 및 연구개발비 관리의 정확성 제고

부가세 처리 방법

◦ 국가연구개발비 관련 규정*에 의거 연구개발비에서 집행되는 관세, 부가세 등은 “관세법”, “부가세법” 등 관련 세법에 따라 신고

* 국가연구개발사업 관련 규정 제12조의2(연구개발비의 사용)

* 미래부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제24조(연구개발비의 관리)

* 교육부 소관 이공분야 연구개발사업 처리규정 제24조(연구개발비의 관리)

◦ 부가세 적용 범위

구분	협약 당사자	대가성 여부에 대한 판단기준		과세 여부
정부지원과제	정부(전문기관) 주관기관	연구결과물의 소유권 주관연구기관(산단) 귀속	대가성 없음	기존과 동일 면세
정부지원 위탁과제	주관기관(협동연구기관) 위탁연구기관	연구결과물의 소유권 주관(협동)연구기관에 귀속	대가성 있음	부가세법 규칙 제32조 새로운 학술 또는 기술개발 (신이론 방법 등에 관한 연구)에 한하여 면세

◦ ‘14년도 협약과제부터 산학협력단이 수행하는 위탁연구가 관련 세법에 의거 면세범위에 속하지 않는 경우 과세 적용

위탁과제 부가세 관리 절차

구분

면세대상

과세대상

협약

• 관련 법에 근거하여 면세 적용 여부 판단

- 국세청에 제시할 면세 적용 관련 증빙자료 구비 필요

※ 부가가치세법 시행령 제42조 제2호 및 동법 시행규칙 제32조에 의거 부가세 면세

<면세범위>

“새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 연구용역”

• 연구개발비에 매출부가세를 포함하여 협약 체결

- 연구개발비=공급가액+매출부가세

※ 공급가액=직접비+간접비

※ 매출부가세=공급가액×10%

※ 연구개발계획서 작성 시 매출부가세는 직접비의 “연구활동비” 비목에 편성

※ 간접비는 “국가연구개발사업 기관별 간접비 계상기준 제2조”에 따라 계상하되, 직접비에 편성된 매출부가세는 제외하고 계상

정산

• 연구개발비의 실 집행액으로 정산

• 연구개발비의 실 집행액으로 정산하되 국세청으로부터 환급 가능한 매입부가세는 국세청의 부가세 환급시기와 관계없이 연구기간 내에 선 제외하고 정산

- 연구개발비 집행내역 등록 시 매입에 따른 공급가액과 부가세를 구분하여 등록

• 매출부가세 인정범위

- 매출부가세=연구개발비(직접비+간접비)의 실집행액×10%

※ 단, 연구개발비를 이월하여 사용하는 경우 해당 위탁연구개발과제 종료(최종) 후 정산 시 실 집행액 적용 가능

※ 환급받을 수 있는 관세, 부가세 등 금액을 집행금액으로 포함시킨 경우 연구개발비 부당집행금액으로 회수대상에 포함

(국가연구개발사업 연구비 관리 표준매뉴얼, 2014.4)